而徐階直接拒絕了高拱的建議。因為徐階知道，對於下麵的人，賞賜總是多多益善的，無論出於什麼理由減少賞賜，都會得罪人。以徐階的精明，當然不會做這種有害於己的傻事，畢竟賞賜花的錢又不用他徐閣老出。結果高拱力爭而不果，最終，賞賜沿襲嘉靖登基的標準發出，而戶部則為此困苦不支。
又譬如有一次廷議，眾言官為了該不該擬去一個大臣的問題爭執不下，雙方吵得就差上演全武行。徐階一看這局麵不好把控，又不願意開罪言官的任何一方，就打算把問題推給皇帝，讓皇帝決定該大臣的去留。
因為高拱把自己定位為隆慶帝的第一忠臣，所以他認為徐階這麼做，不光是自私，而且還是在刻意打壓和蔑視新君的威嚴——我父皇這輩子儘乾錯事，我這個新君能有麵子到哪去？
徐、高之間的矛盾當然並不隻有這麼一點，隨便再舉兩個例子：在新帝登基後的賞軍大典上，高拱再一次與徐階出現政見分歧。原本新皇登基之時賞賜軍方並非什麼祖製，而是從正統元年開始的慣例。嘉靖帝即位時因為國庫殷實，便將原定的賞賜又翻了一倍。
高拱當場質疑徐階不負責任的行為，發出異議：“不能開這個‘恭請聖裁’的先例。在先朝遇事不決請上裁，是因為先帝經久執政，通達國體；而今上即位這才幾天，怎麼可能知道群臣誰賢誰不肖？讓皇上自己裁定，皇上卻該如何判斷？恐怕隻能詢問身邊的人。長此以往，天下大事就可能會被宵小劫持了。”
更可怕的是，張居正深知：高拱是真的打從心眼裡想要反對徐階舊政的。
這事必須得從當年的具體情況說起：嘉靖四十五年十二月十四日，嘉靖皇帝駕崩。當晚，徐階召來得意門生張居正，緊急趕製出一份嘉靖自述口吻的《遺詔》。到了次日早晨，呈給作為新皇的裕王，由其頒佈天下。但是這件事並冇有與內閣其他同僚商議，僅由徐階授意、張居正捉刀，完全把其他輔臣都排除在外，因此就引起了內閣矛盾的再一次激化。
高拱立刻表示讚同，道：“先帝是英主，禦國四十五年來的所作所為，難道都是錯的？而今上是先帝的親子，三十歲登基，並非幼主，這樣強迫今上將先帝的罪過昭示天下，將置帝王尊嚴於何處？再者，當初先帝本來就曾經想要停止斎蘸之事，是誰建議他重修紫皇殿的？那些土木工程，一丈一尺全都是他們徐家父子親手策畫，現在難道能全部歸罪於先帝嗎？在先帝生前，他一味諂媚，待先帝甫一晏駕，便肆意詆譭侮辱，實在令人不齒。”說著與郭樸相視淚下。
其實高拱這一番言論，要說全部出自本心，那恐怕也未必。他對嘉靖帝按理說並冇有那麼深的感情，更不會真為其身後聲名毀損而難過。實際上，他主要是對裕王這位新帝可能遭徐階挾持並受委屈而擔憂，畢竟他與隆慶皇帝的君臣際遇遠非他人可比。
完全被透明化的內閣同僚們，肯定不能淡定呀！
雖然唯徐階馬首是瞻的李春芳冇敢表達什麼意見，但高拱和郭樸兩位閣老卻出離的憤怒了。郭樸當場激動地道：“徐公這是假托遺詔，毀謗先帝，其心可誅！”
張居正麵色陰沉如水，腦子裡仔細的把近兩個月的政局捋了一捋。然後他發現，高拱近來似乎真有要一反徐階舊政的意思。
然而從根本的出發點上來說，這番話其實主要還是針對徐階。因為徐階其實是利用世代交替的時機，巧妙地把先朝的一切弊政都歸咎於死人，從而將他自己以前的不光彩舉動摘得乾乾淨淨，不僅如此，還極大地收買了人心。而他在做這件事的時候，卻又故意將包括高拱自己在內的內閣同僚排除在外，這種毫不遮掩的蔑視和打壓，纔是真正令高拱憤恨不已的。
但旨意雖然這麼說，實際上還是推翻了《遺詔》，對建言獲罪的大臣們平反昭雪之事，也就隨之無疾而終，有望重見天日的幾百戶家庭，又入苦海。這裡頭還牽連到一個人，這個人是大文豪王世貞的父親。結果嘛……曆史上王世貞寫《嘉靖以來首輔傳》，其中肆意詆譭和醜化高拱，但凡高拱有功之處，要麼一筆帶過，要麼“烏足道也”，而隻要曾有對高拱不利的傳言，卻一條條清晰記錄並大加闡發。
因為王世貞在文壇的曆史地位，這《首輔傳》偏偏成為後世研究這段曆史的重要資料！高拱的名聲在後世之所以壞了那麼多年，直到差不多改革開放之後才被一些學者慢慢翻案，原因就出在這裡。
徐階立刻黑了臉，認為高拱純粹無理取鬨，凡事非要與自己對著乾才高興。在言官們的支援下，徐階再一次勝利，最終還是請了“上裁”。而高拱和徐階的矛盾，也更加地公開化，朝廷上下無人不曉。由於徐階的威望和影響力，再加上他不得罪人，而高拱則一門心思維護自己皇帝學生的，因此輿論都傾向於指責高拱擅權，破壞內閣秩序。
像這樣的矛盾在高拱當初第一次入閣的近一年時間裡，在徐、高二人之間幾乎不間斷地上演。隻是由於新朝初始的不穩定狀態，使得這些事情所牽動的氣氛愈發微妙。時人黃景昉有評論說：“高拱任怨，徐階專任恩，二者的傾軋皆由此而起。”該評價可謂中肯。
徐階的圓滑與高拱的直率，形成了鮮明的對比，且都是些不可調和的矛盾。二人對國事的用心程度，也完全不在一個層次上。徐階兼顧各方利益，尤其小心謹慎，首要目的是明哲保身，在圓滑處理事件的基礎上始終先讓自己立於不敗之地；而高拱則往往就事論事，心無旁騖，為此甚至不在乎與任何人結怨。
而高拱此番起複，首先就推翻了“恤錄先朝建言諸臣”。當初徐階在草擬的《嘉靖遺詔》中，對嘉靖在位四十五年間因敢於直言而被革職、充軍、下獄和論死的大臣平反昭雪，這裡頭牽涉到的是一大批人，得不得民心不好說，但肯定是一件極得官心的大好事。
但高拱一回京，立刻就將此推翻了。高拱的理由是這些臣子的“罪”，都是先帝嘉靖定的。先帝定的案能翻嗎？不能，因為如果這些人都平反昭雪，那不就明擺著是先帝錯了嗎？這還得了！
一句話，你徐階的這個做法“有妨於聖德”，同時評價徐階“不以忠孝事君，務行私臆”、“歸過先帝”。這一招當然十分凶狠，在張居正看來，屬於是欲置徐階於死地。幸好隆慶這次頗有主見，隻是同意了對獲罪諸臣不可“不加甄彆，儘行恤錄”，而冇有直接動徐階。
馮保眼見得張居正麵沉如水，目光中甚至不自覺地流露出一絲殺機，心中暗暗得意，再次補刀：“太嶽相公，前些日子高鬍子放出風來，說什麼與華亭公當年不過是一點小小的私人過節，這話你是當事人，總不會相信吧？而且據我手底下的番子打探，前幾日，他還在家中夜會了在京的學生們，其中四位科道官……你猜他高鬍子是想做什麼？”
徐階的情況，現在可不是一句不太妙就能形容得了的。他現在完全稱得上是麻煩很大。
說到底，徐階在乎的是官位名利，高拱在乎的是天下大業。
後來因為京察，連帶著爆發了胡應嘉案，一番龍爭虎鬥之後，“滿朝倒拱”，高拱狼狽下野，而徐階最終也失去聖心，致仕歸鄉。
隆慶登基，徐階打算按照嘉靖登基時的標準去辦，高拱立刻表示反對，道：“現在的國庫空乏，承受不起這項消耗。不如按照正統時的標準行事，那麼就可以省下一半的錢，隻要花二百萬就夠了。”